कोभिड–१९ का बेला स्वास्थ्य तथा जनसङ्ख्या मन्त्रालय र मातहतका निकायबाट महामारी रोकथाम नियन्त्रण र उपचारका लागि भएको खर्चमा हिसाव मिलान नभएको पाइएको छ ।  महालेखा परीक्षकको ५९ वार्षिक प्रतिवेदनमा यस वर्ष १ करोड ८८ लाख हिसाव मिलान नभएको पाइएको छ । मन्त्रालय र मातहतका निकायबाट कोभिड–१९ महामारी रोकथाम नियन्त्रण र उपचारको लागि भएको खर्च १० अर्ब ७३ करोड २२ लाख खर्च भएको छ ।

जसमध्ये कार्यालय सञ्चालनमा २६ करोड ७८ लाख खर्च भएको छ । कार्यक्रम खर्च १ अर्ब १५ करोड ६५ लाख  खर्च भएको छ । सशर्त अनुदानमा रु ४ अर्ब ४ करोड ९ लाख, औषधि खरिदमा ४ खर्ब ७१ करोड ३५ लाख र पुँजीगततर्फ रु ५५ करोड ३५ लाख खर्च भएको देखिन्छ । तर, महालेखा नियन्त्रण कार्यालयले पेस गरेको केन्द्रीय विवरण अनुसार १० अर्ब ७१ करोड ३४ लाख खर्च भएको पाइएको उल्लेख छ  ।