नेकपा एकीकृत समाजवादीले एमालेकै मोडलमा विभिन्न आयोगहरू गठन गरेको छ । एकीकृत समाजवादीले केन्द्रीय अनुशासन आयोग, केन्द्रीय लेखा परीक्षण आयोग र केन्द्रीय निर्वाचन आयोग गठन गरेको हो । तीनवटै आयोग ३५ सदस्यीय रहने सो पार्टीले जनाएको छ ।

अनुशासन आयोगको अध्यक्षमा काभ्रेका शिवबहादुर देउजा रहेका छन् भने केन्द्रीय लेखा परीक्षण आयोगको अध्यक्षमा ताप्लेजुङका भरतकुमार श्रेष्ठ र केन्द्रीय  निर्वाचन आयोगको अध्यक्ष ललितपुरका माधव पौडेल रहेका छन् । त्यस्तै सो पार्टीले केन्द्रीय सल्लाहकार परिषद् पनि गठन गरेको छ । परिषदमा सम्पूर्ण प्रदेशबाट प्रतिनिधित्व हुने गरी केन्द्रीय सल्लाहकार परिषद् गठन गरिएको सो पार्टीले जनाएको छ । त्यस्तै केन्द्रीय ज्येष्ठ कम्युनिष्ट मञ्चमा पनि सवै प्रदेशको प्रतिनिधित्व रहेको छ ।  

सो पार्टीले पार्टीको केन्द्रीय निकायका रूपमा केन्द्रीय परिषद् गठन गर्ने निर्णय गरेको छ । केन्द्रीय परिषद्मा केन्द्रीय कमिटी, केन्द्रीय आयोग, केन्द्रीय सल्लाहकार परिषद् र केन्द्रीय ज्येष्ठ कम्युनिष्ट मञ्चका सबै पदाधिकारी तथा सदस्यहरू र जिल्ला कमिटीका अध्यक्षहरू रहनेछन् । 

हरेक जनसङ्गठनबाट सम्बन्धित सङ्गठनमा रहेको सङ्गठित सदस्य संख्याको अनुपातमा प्रतिनिधित्व गराइनेछ । साथै खुला रूपबाट पनि केही संख्या राखिने सो पार्टीले जनाएको छ  । केन्द्रीय कमिटीले केन्द्रीय परिषद्का सदस्यहरूलाई आवश्यकता अनुसार फाँट तथा जिल्लाको सहइञ्चार्जको जिम्मेवारी दिन सक्नेछ । केन्द्रीय परिषद्का सदस्य प्रदेश कमिटीको सदस्य वा जिल्ला कमिटीको पदाधिकारी रहन सक्नेछन् ।

केन्द्रीय आयोगहरू, केन्द्रीय सल्लाहकार परिषद् र केन्द्रीय ज्येष्ठ कम्युनिष्ट मञ्चमा अध्यक्ष १, उपाध्यक्ष १ र सचिव १ गरी जम्मा ३ जना पदाधिकारी रहनेछन् । प्रदेश तथा स्थानीय तहका कमिटीमा अध्यक्ष १, उपाध्यक्ष २, सचिव १ र उपसचिव ३ गरी जम्मा ७ जना पदाधिकारी रहनेछन् । प्रदेश तथा स्थानीय कमिटीका ७ पदाधिकारीमध्ये कम्तीमा एकजना महिला हुनुपर्नेछ ।